გენომიკა
TaqMan Real-Time PCR Assays
Applied Biosystems-ის წინასწარ შემუშავებული და დაკომპლექტებული TaqMan Assays შედგება სამიზნე-სპეციფიური პრაიმერებისგან და ერთი ან რამოდენიმე ზონდისგან, რომლებიც ოპტიმიზირებულია კონკრეტული სამუშაოს განსახორციელებლად, მათ შორის გენის ექსპრესიისთვის, SNP გენოტიპირებისთვის, miRNA, მუტაციის გამოვლენისთვის და კოპიების რაოდენობის ვარიაციის ანალიზისთვის.
Applied Biosystems-ის TaqMan Assays წარმოადგენენ ინდუსტრიის წამყვან და უკონკურენტო არჩევანს 5' ნუკლეაზური qPCR ანალიზისთვის. მათი შექმნა შესაძლებელი გახდა დახვეწილი ოლიგონუკლეოტიდური ზონდის/პრაიმერის დიზაინის pipeline გამოყენებით, და ასევე ძლიერი პრაიმერის დიზაინის ალგორითმებით რაც უზრუნველყოფს ანალიზის ავტომატურობას. ხელმისაწვდომია 20 მილიონზე მეტი წინასწარ დაკომპლექტებული ანალიზი, რომელთაგან არჩევანის გაკეთება არის შესაძლებელი თქვენი საჭიროებების მიხედვით - ყველა ანალიზი უზრუნველყოფილია შესრულების გარანტიით.
Veriti™ 60 – თერმოციკლერი
კატალოგის ნომერი: 4384638
Applied Biosystems®-ის Veriti® 60-ფოსოიანი ბლოკის მქონე თერმოციკლერი (0.5 მლ) იძლევა სანდო მონაცემებს, დიდ სარეაქციო მოცულობებზე მუშაობის და ექსპერიმენტის მართვის შესაძლებლობებს, რომლებიც იდეალურად შეესაბამება ნებისმიერი კვლევის საჭიროებებს.
ძირითადი მახასიათებლები:
-მარტივად გამოსაყენებელი ფერადი სენსორული ეკრანი;
-პროტოკოლების გადატანის საშუალება USB-პორტის საშუალებით;
-12 თერმოციკლერის ერთმანეთთან დაკავშირების და მართვის შესაძლებლობა;
-დიდი მოცულობის მქონე პროტოკოლები - Veriti® 60-ფოსოიანი თერმოციკლერით შესაძლებელია ექსპერიმენტი შესრულდეს დიდი მოცულობის სარეაქციო არეების გამოყენების პირობებში, 0.5 მლ-იანი ბლოკის საშუალებით.
აგრიგენომიკური კვლევები მიკრო-ჩიპების და GBS-გამოყენებით
Affymetrix-ის აგროგენომიკური გენოტიპირების საშუალებები სელექციონერებს და მკვლევარებს სთავაზობს ეფექტურ და მოქნილ გენოტიპირებას ხელსაყრელ ფასად. აღნიშნული პროდუქცია საშუალებას იძლევა მოვახდინოთ მცენარეთა და ცხოველთა იდენტიფიცირება, ვალიდაცია, სკრინინგი და კომპლექსური გენეტიკური კვლევა. Affymetrix-ის აგროგენომიკური პორტფოლიო ხასიათდება მაღალი წარმადობით და მასშტაბურობით გენომის მომცველი კვლევების ჩასატარებლად. მიღებული შედეგები გვაძლევს ინფორმაციას ლოკუსების შესახებ პროცენტული გამოსახულებით, რომელთა დამუშავება შემდგომ ხორციელდება შესაბამისი კომპიუტერული პროგრამით.
ადამიანის გენოტიპირება, ფარმაკოგენომიკა და მიკრობიომების კვლევა მიკროჩიპების გამოყენებით
Axiom - გენოტიპირების სისტემა არის პლატფორმა დიდი მასშტაბის გენოტიპირების კვლევებისთვის და ხასიათდება მთელი რიგი უპირატესობებით, მათ შორის:
სამედიცინო კვლევები მაღალი სიზუსტით
ფართო სპექტრის შესაძლებლობების მქონე, პოპულაციურ კვლევებზე ორიენტირებული ტესტ-სისტემა ხასიათდება მაქსიმალური სიზუსტით სამედიცინო მნიშვნელობის კვლევებისას; მასშტაბურ გენომურ კვლევებზე გათვლილი სისტემა მოიცავს კლინიკურად ინფორმატიულ მარკერებს; გენეტიკასა და დაავადებათა განვითარებას შორის კავშირის დადგენის შესაძლებლობა.
ანალიზი დნმ – მიკროჩიპებით
Thermo Fisher Scientific – ის მიერ შემოთავაზებული Affymetrix™ – ის პროდუქცია, ხელსაწყოები და რესურსები მკვლევარებს საშუალებას აძლევს მიკრო ჩიპების საშუალებით განახორციელონ მრავალმხრივი კვლევები. აღნიშნული მიმართულების გამოყენების სფეროები მოიცავს მცენარეთა და ცხოველთა გენომიკას და ტრანსკრიპტომიკას, მათ შორის საბაზისო კვლევებს და ტექნელოგიათა ინდუსტრიულ გამოყენებას მეცხოველეობის, პოპულაციური ანალიზის, კონსერვაციის და სხვა მიმართულებებით.
Affymetrix - ის პროდუციის გამოყენებით შესაძლებელია სამეცნიერო კვლევითი ექსპერიმენტების განხორციელება სიმსივნური პროცესების შესასწავლად, ასევე კლინიკური კვლევებისა და ვალიდაციების განხორციელება, მათ შორის სიმსივნური პროცესების ციტოგენეტიკური კვლევები. Affymetrix - ის მიკროჩიპების ოპტიმიზაცია კონკრეტული მიზნებისთვის, საშუალებას იძლევა შესრულდეს ადამიანის გენომის კვლევები პოპულაციურ დონეზე.
თერმოციკლერი SimpliAmp™
კატალოგის ნომერი: A24811
აღწერა:
თერმოციკლერი SimpliAmp™ არის მცირე ზომის, ადვილად გამოსაყენებელი თერმოციკლერი, რომელიც ერგება ნებისმიერი ლაბორატორიის მოთხოვნებს, პჯრ მეთოდით რუტინული მუშაობისთვის.
აპარატი მაქსიმალურად ამართლებს მომხმარებლის მოლოდინს, როგორც ნებისმიერი Applied Biosystem - ის ინსტრუმენტი.
SimpliAmp ელეგანტურ დიზაინთან ერთად, აღჭურვილია ინოვაციური თერმული სახურავით და დიდი ზომის LCD ფერადი სენსორული ეკრანით.
ძირითადი მახასიათებლები და უპირატესობები:
VeriFlex™ ბლოკი რეაქციის ტემპერატურის მაღალი სიზუსტით ოპტიმიზაციისთვის - VeriFlex ბლოკები გვთავაზობს 3 დამოუკიდებელ ტემპერატურულ ზონას, რაც პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქციის ტემპერატურის მაქსიმალური კონტროლის საშუალებას ქმნის.
8-ინჩიანი სენსორული ეკრანი გვეხმარება დროის დაზოგვაში, ამარტივებს აპარატზე ოპერირებას ადვილად წაკითხვადი ინტერფეისით.
WiFi-ის დაკავშირების შესაძლებლობა დისტანციური მართვისთვის - აპარატის მოხერხებული მონიტორინგის შესაძლებლობა ნებისმიერი ადგილიდან, მობილურის უფასო აპლიკაციით.
სახურავის მარტივი დიზაინი თქვენი ნიმუშების დასაცავად - ინოვაციური თერმული სახურავი წარმოადგენს მარტივად გამოსაყენებელ მოწყობილობას, რომელიც ნიმუშების დაცვას უზრუვნელყოფს. სახურავის ავტომატური გახსნის ფუნქცია, როდესაც არ არის სწორად დახურული, უზრუნველყოფს ნიმუშების დაცვას და რეაქციის უნაკლო მიმდინარეობას.
მონაცემთა მარტივი მართვა -USB პორტთან დაკავშრებით შეგვიძლია ჩვენი მონაცემების კოპირება და მათი შემდგომი გამოყენება.
თერმული პროტოკოლის მოდელირების შესაძლებლობა - თერმული პროტოკოლების ბიბლიოთეკა საშუალებას გვაძლებს გავუშვათ ექსპერიმენტი ძველი პროტოკოლის მიხედვით, რომელიც უკვე გამოვიყენეთ ამავე ან სხვა ინსტუმენტზე.
კომპიუტერული პროგრამები დნმ-მიკროჩიპებით ანალიზისთვის
მიკრო-რნმ-ების პროფილირება მიკროჩიპების გამოყენებით
მცირე არამაკოდირებელი რნმ-ების (miRNA) ექსპრესიის ცვლილების შეფასება მეტად მნიშვნელოვანია განსხვავებულად ექსპრესირებული გენების აქტივაციაზე ბიოლოგიური პროცესების გავლენის შესაფასებლად. GeneChip™ miRNA - ტესტ-სისტემები ეფექტური საშუალებაა აღნიშნული მოლეკულების (miRNA, snoRNA და scaRNA) როლის შესასწავლად ისეთი კომპლექსური დაავადებებისას, როგორიცაა სიმსივნეები.
მულტიპლექსური NGS-გენოტიპირება
ჩვენ მიერ შემოთავაზებული AllType™ სადიაგნოსტიკო ნაკრები გთავაზობთ შემდეგი თაობის სექვენირებისთვის საჭირო რეაქტივების სრულ შემადგენლობას, რომელიც უზრუნველყოფს ერთ სინჯარაში I და II კლასის თერთმეტივე ლოკუსის ამფლიპიკაციას, რაც მთლიანად აშორებს ამპლიკონის ხელოვნურად გაერთიანების (pooling) საჭიროებას. ნიმუშები გადაეცემა უშუალოდ ბიბლიოთეკას და მზადაა სექვენირებისათვის ერთ სამუშაო დღეში. სექვენირების მონაცემთა ანალიზი და ალელური თანმიმდევრობებისთვის კუთვნილების მინიჭების პროცესი ავტომატურად ხორციელდება და გენერირდება TypeStream™ ვიზუალური NGS ანალიზის პროგრამული უზრუნველყოფის მიერ. საბოლოო შედეგები მიიღება სამ დღეზე ნაკლებ დროში.
პლატფორმები
Thermo Fisher Scientific დნმ-მიკროჩიპების ანალიზისთვის გვთავაზობის Affymetrix-ის ინსტრუმენტების ფართო არჩევანს, რომელთა შორის აღსანიშნავია როგორც ინტეგრირებული პლატფორმები და ინდივიდუალური სკანერები, ასევე სპეც. ღუმელები, რეაგენტების მართვის პლატფორმები და ნიმუშის მოსამზადებელი სხვა სპეციფიკური ინსტრუმენტები.
პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქციის (პჯრ) მეთოდი
რა არის პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქციის (პჯრ) მეთოდი?
პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქცია (პჯრ/PCR) წარმოადგენს მეთოდს, რომლის საშუალებით ნუკლეინის მჟავის სპეციფიკური მონაკვეთის მილიონობით ასლის მიღება არის შესაძლებელი, რაც სამიზნის დეტექციის საშუალებას იძლევა თუნდაც მისი უმცირესი კონცენტრაციისას საკვლევ ნიმუშში.
მეთოდი შემუშავდა 1983 წელს Kary Mullis-ის მიერ, რისთვისაც მან ნობელის პრემია დაიმსახურა ქიმიის დარგში. მეთოდის შემქნიდან დღემდე პჯრ ფართოდ გამოიყენება მრავალ სამედიცინო და სამეცნიერო დისციპლინაში, მათ შორის მოლეკულური დიაგნოსტიკის, მიკრობიოლოგიის, გენეტიკის, კლინიკური დიაგნოსტიკის, სასამართლო ექსპერტიზის, გარემოს დაცვითი მეცნიერებების, მემკვიდრეობითი კვლევებისას და მშობლის იდენტიფიკაციისთვის.
მეთოდის სახელი გამომდინარეობს დნმ-ის რეპლიკაციისთვის აუცილებელი კომპონენტის, ფერმენტი დნმ-პოლიმერაზას სახელწოდებიდან. აღნიშნული ფერმენტი არსებობს ბუნებაში. ყველაზე გავრცელებულ პოლიმერაზას Taq-პოლიმერაზა წარმოადგენს, რომელიც მიიღება ბაქტერიიდან Thermus aquaticus. ფერმენტის მოქმედებისთვის ოპტიმალური ტემპერატურა დაახლოებით 70oC-ია. ფერმენტი ახდენს დნმ-ის ახალი ჯაჭვის სინთეზს დნმ-მატრიცაზე, დნმ-ის ოლიგო-ნუკლეოტიდების (პრაიმერების) გამოყენებით. პრაიმერები წარმოადგენს სინთეზურ ნუკლეოტიდური თანმიმდევრობებს, რომლებიც კომპლემენტურია უშუალოდ სამიზნე დნმ-ის ბოლოებისა.
მოლეკულური ბიოლოგიის მეთოდების უახლესი მიღწევების და განვითარების ფონზე, შეიძლება ითქვას, რევოლუცია განიცადა ორგანიზმთა პათოგენური მოკროორგანიზმების, ვირუსების დეტექციისა და დახასიათების, გენეტიკური ცვლილებების კლინიკური დიაგნოსტიკის მიდგომებმა. აღნიშნულმა რევოლუციურმა ცვლილებამ გარდა ვირუსოლოგიისა, მიკოლოგიისა, და პარაზიტოლოგიისა, გავლენა იქონია სტომატოლოგიის, ჰემატოლოგიის, ონკოლოგიის, პერინატოლოგიის და მედიცინის სხვა მარავალი დარგის სადიაგნოსტიკო მიდგომების დახვეწასა და სიზუსტეზე.
პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქცია (პჯრ) უნაკლო მეთოდია პათოგენების სწრაფი დეტექციისთვის, რაც განსაკუთრებით მნიშვნელობას იძენს ისეთ ინფექციურ აგენტებთან მიმართერბაში, რომელთა იდენტიფიცირება საჭიროებს კულტივირებას ტრადიციული მიკრობიოლოგიური მიდგომით, რაც ხშირად პრობლემას წარმოადგენს, ან მოითხოვს დიდ დროს საბოლოო დიაგნოზის მისაღებად.
რეალურ დროში პჯრ-ის განვითარებამ, თვისობრივთან ერთად რაოდენობრივი და გენოტიპირების მონაცემების გენერაციის შესაძლებლობით, აღნიშნული მეთოდი კიდევ უფრო ინფორმატიული გახადა.
პჯრ ფართოდ გამოიყენება კლინიკური ნიმუშების ანალიზისთვის, ისეთი ინფექციური აგენტების დეტექციისთვის, როგორიცაა HIV, ჰეპატიტები, ადამიანის პაპილომა ვირუსი, ეპშტეინ ბარის ვირუსი, მალარიის და ჯილეხის გამომწვევი პათოგენები. პჯრ-ს განსაკუთრებული მნიშვნელობა აქვს HIV -ის ადრეული დეტექციისთვის, ვინაიდან ვირუსის დნმ-ის დეტექცია შესაძლებელია ორგანიზმის ინფიცირებისთანავე, განსხვავებით იმუნოლოგიური მეთოდებისგან, რომელთა საშუალებით ანტისხეულების დეტექცია შესაძელებლია ინფიცირებიდან კვირების და თვეების გასვლის შემდეგ. პჯრ შესაძლოა ასევე გამოყენებულ იქნას, ვირუსული ინფექციის სიმძიმის შესაფასებლად, რასაც დიაგნოსტიკისა და პროგნოზისთვის უდიდესი მნიშვნელობა გააჩნია.
მალარიის ტრადიციული დიაგნოსტიკა ხორციელდება მალარიის პლაზმოდიუმის (Plasmodium falcipurum) დეტექციით, სისხლის მიკროსკოპიული გამოკვლევით. აღნიშნულ შემთხვევაში პჯრ-ის საშუალებით შესაძლებელია დადგინდეს არა მარტო არსებობა, არამედ განისაზღვროს მისი გენოტიპი და შეირჩეს პრეპარატი, რომლის მეშვეობითაც შესაძლებელი იქნება დაავადების ეფექტური მკურნალობა. ინფექციური აგენტის ტიპის დადგენა განსაკუთრებით მნიშვნელოვანია შერეული ინფექციებისას.
სიმსივნის კლინიკურ დიაგნოსტიკაში პჯრ მეთოდი იძლევა მეტად მნიშვნელოვან ინფორმაციას პაციენტების პროგნოზისა და მათი რეზისტენტობის შესახებ თერაპიის ამა თუ იმ ტიპის მიმართ. სიმსვნეთა მრავალი ტიპი ხასიათდება წერტილოვანი მუტაციებით სხვადასხვა გენში, რომელთა იდენტიფიკაცია შესაძლებელია აღნიშნული მეთოდით. მაგალითად, ლეიკემიების განვითარების მიზეზი ძირითადად ქრომოსომული უბნების ტრანსლოკაციებია, რომლის შედეგადაც უჯრედები უკონტროლოდ იწყებენ პროლიფერაციას და ითრგუნება მათი გენეტიკურად პროგრამირებული სიკვდილი (აპოპტოზი). დაავადების დიაგნოსტირებისთვის ხშირად ტარდება ციტოგენეტიკური კვლევა ფილადელფიური ქრომოსომის გამოსაკვლევად. თუმცა აღსანიშნავია, რომ დაავადების საწყის ეტაპზე ფილადელფიურ ქრომოსომას ბევრი უჯრედი არ შეიცავს, რის გამოც მისი იდენტიფიცირება განვითარების ადრეულ სტადიაზე შეუძლებელია. ლეიკემიების გამოვლენა მათი განვითარების ადრეულ სტადიებზე შესაძლებელია პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქციით.
აღსანიშნავია პჯრ მეთოდის გამოყენება გენეტიკური დაავადებების დიაგნოსტიკისთვის, როგორიცაა ცისტური ფიბროზი, თრომბოფილიები, ნამგლისებურ უჯრედოვანი ანემია, ფენიკლკეტონურია, კუნთოვანი დისტროფიები. ამავე მეთოდით შესაძლებელია ნაყოფის სქესის და მისი რეზუს (Rh) სტატუსის დადგენა ორსულობის მე-10 კვირაზე.
პჯრ მეთოდი გამოიყენება როგორც კაპილარული ელექტროფორეზის, ასევე შემდეგი თაობის სევქნირების ნიმუშების მომზადების ეტაპებზე.
პჯრ მეთოდის პრინციპი - ექსტრაქციის ეტაპი
ანალიზის განხორციელების პირველ ეტაპზე საჭიროა დნმ-ის (ან რნმ-ის) გამოყოფა ნიმუშიდან, რისთვისაც შემოთავაზებულია მზა ნაკრებები ნუკლეინის მჟავების ექსტრაქციისთვის. ექსტაქციის ეტაპი მოიცავს რამოდენიმე საფეხურს: ნიმუშში (ქსოვილი, შრატი, სისხლი, შარდი, ნაცხი და ა.შ.) არსებული ცილების ლიზისი, მათი მოცილება გამრეცხი ბუფერების საშუალებით, სუფთა ნუკლეინის მჟავების მიღება ელუციის ეტაპზე.
პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქციის ლაბორატორია მოიცავს სამ დამოუკიდებელ ზონას:
1.ნიმუშების დასამუშავებელი და ნუკლეინის მჟავების საექსტრაქციო არე;
2.პრე-პჯრ: მასტერიმიქსის და ნიმუშების შესარევი არე;
3.პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქციის ოთახი.
თითოეული ზონა კონტამინაციის თავიდან ასაცილებლად აღჭურვილი უნდა იყოს UV ნათურით.
ტრანსკრიპტომების პროფილირება მიკროჩიპების გამოყენებით
ფენოტიპური პათოლოგიები იშვიათად არის გამოწვეული ერთი გენის ექსპრესიის ცვლილების შედეგად, ამიტომ ექსპრესიის სრულყოფილი პროფილის მიღება და მისი ანალიზი კრიტიკული მნიშვნელობისაა ნორმალური ბიოლოგიური პროცესის თუ მისი პათოლოგიური ცვლილებების შესწავლისას. გარდა ამისა, ექსპრესიის მნიშვნელოვანი ცვლილებები, როგორიცაა განსხვავებული ექსონის ჩართვა ალტერნატიული სპლაისინგისას, შესაძლოა არ გამოვლინდეს გენთა დონეზე ჩატარებული ანალიზისას. მიკრო-ჩიპების გამოყენება გვთავაზობს მთელ რიგ უპირატოსობებს მილიონობით სხვადასხვა სექვენსის ანალიზისთვის, რაც განსაკუთრებით მნიშვნელოვანია ალტერნატიული სპლაისინგის შესწავლისას.
რნმ-ის ექსპრესიის ანალიზისას, შემოთავაზებული ტესტ-სისტემების ფართო სპექტრი შესაძლოა მოიცავდეს როგორც სრულ ტრანსკრიპტომს, ასევე გენთა, ექსონთა ან მოკლე არამაკოდირებელ რნმ-თა (snc) ანალიზს. Affimetrix-ის ექსპრესიის ყველა ტესტ-სისტემა თავსებადია ფართო სპექტრის ნიმუშის ტიპებთან და საჭიროებს რნმ-ის ნიმუშის მცირე მოცულობას. ტესტ-სისტემები ხელმისაწვდომია როგორც ერთ-ნიმუშიანი კარტრიჯის ფორმატში, ასევე მრავალი ნიმუშის მომცველი პლანშეტების ფორმატში, განსხვავებული წარმადობისთვის. შედეგების ანალიზისთვის გამოიყენება სწრაფი და მოქნილი ანალიზის პროგრამა დამატებითი დანახარჯების გარეშე.
