დნმ-მიკროჩიპებით ანალიზის ტექნოლოგია
- დნმ-მიკროჩიპების შემადგენლობაში არსებული პრობები იმობილიზირებულია ჩიპის მყარ ზედაპირზე.
- სარეაქციო არეში არსებული ამპლიფიცირებული და ფრაგმენტირებული გენომური დნმ მონიშნულია საღებავებით და განიცდის ჰიბრიდიზაციას ჩიპის ზედაპირზე არსებულ პრობებთან.
დნმ-მიკროჩიპები იყოფა ორ ტიპად: cDNA-ს ან ოლიგონუკლეოტდების გამოყენების პრინციპზე დაფუძნებული ტესტ-სისტემები. cDNA – მიკროჩიპები შემუშავებულ იქნა სტენფორდის უნივერსიტეტში, ხოლო ოლიგონუკლეოტიდების გამოყენების პრინციპზე დაფუძნებული ტექნოლოგია შემუშავდა Affymetrix-ის მიერ.
cDNA – ით ან ოლიგონუკლეოტიდებით დაფარული მინის ფირფიტა საშუალებას იძლევა შეფასდეს გენთა ექსპრესიის დონე საცდელი და საკონტროლო ნიმუშების შემთხვევაში. დეტექციისთვის გამოიყენება მწვანე (Cy3) და წითელი საღებავებთ (Cy5). ჰიბრიდიზაციის შემდეგ ჩიპი გამოასხივებს ფლუორესცენტულ სიგანლს, რომლის ინტენსივობის და ფერის განსაზღვრა შესაძლებელია.
ჰიბრიდიზაცია ხორციელდება მინიმალური მოცულობის რეაგენტების და ნიმუშების გამოყენებით, რათა თავიდან იქნას აცილებული ჰეტეროდუპლექსების ფორმირება. კონფოკალური ან ნახევრად კონფოკალური ლაზერული ტექნოლოგიები CCD კამერასთან ერთად, გამოიყენება სურათების მისაღებად. რეაქციების სტანდარტიზაციისთვის ჩიპზე დატანილია სპეციფიკური გენების cDNA, რომელიც არ გვხვდება სამიზნე ან საკონტროლო ნიმუშებში.
CytoScan HD
- სრული გენომის დაფარვა 2.6 მლნ მარკერის ჩათვლით, გენთა ასლების რიცხვის ანალიზისთვის, რაც ჯამში მოიცავს 750,000 SNP-ს;
- ყველაზე მაღალი დაფარვა გენების დონეზე;
- მოცავს >36,000 RefSeq გენს, ერთი მარკერით 880 ფუძის შემთხვევაში;
- საშუალო დაშორება გენომში მარკერებს შორის: 1 მარკერი თითოეულ 2 kb-ზე.
CytoScan 750K
- სრული გენომის დაფარვა – 750,000 მარკერამდე , გენის ასლთა რაოდენობრივი ანალიზი, რომელიც ასევე მოიცავს 200,000 SNP-ს.
- მოიცავს >36,000 RefSeq გენს ერთი მარკერით თითოეულ 2 kb გენომურ მონაკვეთზე;
- საშუალო დაშორება გენომში მარკერებს შორის: 1 მარკერი თითოეულ 4 kb-ზე.
CytoScan XON (ახალი)
- მაღალი რეზოლუციის დაფარვა ექსონების დონეზე , 6.85 მლნ მარკერით გენის ასლთა ვარიაციების ანალიზისთვის, რაც მოიცავს 150,000 SNP-ს;
- 26,000 გენის დაფარვა;
- გენთა ანალიზი ხდება 4 დონეზე, მათი კლინიკური მნიშვნელობის მიხედვით.
დნმ – მიკროჩიპებით ანალიზის კატეგორიები:
მიმოხილვა
მიმოხილვები ჯერ არ არის.