Ion 540™ Kit-Chef (2 სექვენირების რეაქცია დამოუკიდებელი ინიციალიზაციისას)

კატალოგის ნომერი: A31136 Ion AmpliSeq™ Direct FFPE - დნმ ნაკრებით შესაძლებელია დნმ-ნიმუშების მომზადება ფორმალინით ფიქსირებული, პარაფინიზირებული (FFPE) ქსოვილებიდან. აღნიშნული ნიმუშები გამოიყენება ბიბლიოთეკის კონსტრუქციისთვის Ion AmpliSeq პროტოკოლის გამოყენებით. აღსანიშნავია, რომ დნმ-ის მისაღებად ქსოვილური ნიმუშების დეპარაფინიზაცია ამ შემთხვევაში საჭირო არ არის. კიტი თავსებადია FFPE ნიმუშებთან, რომელთა დაჭრა ხდება 10 µm სისქის ანათლებად. Ion AmpliSeq Direct FFPE -დნმ ნაკრების მახასიათებლებს შორის აღსანიშნავია:

• მარტივი პროტოკოლი, რომელიც ნიმუშის დაკარგვის პრობლემას გამორიცხავს;
• ეფექტური 30-წუთიანი პროტოკოლი, მხოლოდ 10 წუთის ხანგრძლივობის ხელით სამუშაო დროით;
• იდეალურია FFPE დნმ-ნიმუშებდან დნმ-ის გამოსაყოფად, როდესაც ნიმუში ლიმიტირებული რაოდენობითაა;
• FFPE ანათლების დეპარაფინიზაცია არ არის საჭირო;
• სპინ- ან ბიდ-დამოკიდებული დნმ-ის ექსტრაქცია არ არის საჭირო;
• Ion AmpliSeq ბიბლიოთეკის მომზადება ხდება მხოლოდ 1 ng დნმ-ნიმუშიდან;
• პროტოკოლი მოიცავს ნიმუშების ურაცილ-D-გლიკოზილაზათი დამუშავებას, რაც დეამინირებული ციტოზინის არიდან ელიმინაციის შესაძლებლობას ქმნის.

კატალოგის ნომერი: A25597 MagMAX™ DNA - სხვადასხვა ტიპის ნიმუშდან დნმ-ის გამოყოფისთვის ოპტიმიზებული ტექნოლოგიით. ნაკრებით ხორციელდება გენომური დნმ-ის (gDNA) ექსტრაქცია ისეთი ტიპის ნიმუშებიდან, როგორიცაა სისხლი, ეპითელური უჯრედები, ნერწყვი, შარდი, სისხლის ნიმუშის ფირფიტები, პირის ღრუს სითხეები და ქსოვილები. მაგნიტურ ბიდებზე დაფუძნებული ექსტრაქციის სისტემა შესაძლებელს ხდის დღის განმავლობაში გაკეთდეს ნუკლეინის მჟავების ექსტრაქცია 12-დან 500-მდე ნიმუშიდან. ექსტრაქციის ნაკრები იდეალურია ფარმაკოგენომიკური კვლევებისთვის (PGx).  MagMAX™ DNA Multi-Sample Ultra - ნაკრები ხასიათდება:

• მარტივი პროტოკოლი დნმ-ის ექსტრაქციისთვის სხვადასხვა ტიპის ბიოლოგიური ნიმუშებიდან;
• ოპტიმიზებული დნმ-ის მაღალი წარმადობით ექსტრაქციისთვის, თავსებადი OpenArray® და Ion AmpliSeq™ აპლიკაციებთან;

​MagMAX™ მაგნიტური ბიდებით ექსტრაქციის ნაკრების უპირატესობები მაგნიტური ბიდების ტექნოლოგია გვთავაზობს მნიშვნელოვან უპირატესობას გენომური დნმ-ის გამოყოფის სხვა ტექნოლოგიებთან შედარებით. ბიდები იკავშირებს gDNA-ს უფრო ეფექტურად ვიდრე ფილტრები, რაც მაღალი წარმადობის გარანტიას იძლევა.

კატალოგის ნომერი: A32841

Oncomine™ BRCA კველვითი ნაკრები მოიცავს AmpliSeq™ პრაიმერთა ოლიგონუკლეოტიდების 2 ნაკრებს და საჭირო რეაგენტებს, რომლებიც Ion Torrent™ ახალი თაობის სექვენირების პლატფორმებზე ამპლიკონთა ბიბლიოთეკების გენერირებისთვის გამოიყენება. ნაკრები შექმნილია ნიმუშების სენსიტიური და სრულყოფილი ამპლიფიკაციისთვის. ანალიზი მოიცავს ადმიანის BRCA1 და BRCA2 გენების ყველა მაკოდირებელ მონაკვეთს. ექსპერიმენტის აღნიშნული ვერსია გათვლილია NGS ბიბლიოთეკის ავტომატური მომზადებისთვის, Ion Chef™ სისტემის გამოყენებით. ბიბლიოთეკის მანუალური მომზადებისთვის იხილეთ ნაკრები კატალოგის ნომრით: A32840. ნაკრების მახასიათებლები:

• ვალიდირებულია Ion 318 და Ion 530 ჩიპებთან კომპლექტში გამოყენებისთვის;
• შესაძლებლობები: SNVs, InDels და დიდი ზომის ექსონების/გენთა დელეციების/დუპლიკაციების დეტექცია;
• თავსებადია დნმ-ის ისეთ მცირე მოცულობებზე მუშაობისას, როგორიცაა ფორმალინით ფიქსირებული, პარაფინიზირებული (FFPE) ქსოვილებიდან ან სისხლის ნიმუშებიდან გამოყოფილი 10 ნგ დნმ;
• სრულყოფილი დაფარვა მაკოდირებელი მონაკვეთების - ექსონების და სპლაისინგის საიტების დეტექციის მხრივ, ეფექტური სექვენირებისა და აკურატული ანალიზისთვის;
• პრაიმერების ოპტიმიზებული დიზაინი და ამპლიფიკაციის რეაგენტები, რომლებიც სამიზნის მაღალსპეციფიური ექსტრაქციის საშუალებას ქმნის;
• 5%-იანი და უფრო მცირე მასშტაბის სომატური ვარიანტების  ვალიდირებული დეტექცია;
• მარტივი და სწრაფი პროტოკოლის მეშვეობით ბიბლიოთეკა მზადაა 3.5 საათში.

BRCA1 და BRCA2 გენები სიმსივნის სუპრესორი გენებია, რომლებიც კოდირებს დნმ-ის ჰომოლოგიურ რეპარაციაში მონაწილე ცილებს. BRCA გენის მუტაციები შედეგად იძლევა შესაბამისი ცილის სინთეზის ნაკლბობას და დაკავშირებულია სიმსივნის გენეტიკურ წინასწარგანწყობასთან. BRCA გენის მაკოდირებელ მონაკვეთში არსებული ხარვეზები იდენტიფიცირებულია როგორც სომატურ, ასევე სასქესო ხაზის უჯრედების გენომში და ასევე გვხვდება სიმსივნურ ნიმუშებში.

კატალოგის ნომერი: 4480441 Ion AmpliSeq™ Library 2.0 ნაკრები შექმნილია ამპლიკოების ბიბლიოთეკის სწრაფი მომზადებისთვის, Ion AmpliSeq™ პანელების გამოყენებით. ბარკოდირებული ბიბლიოთეკის მომზადება Ion AmpliSeq ბიბლიოთეკის მოსამზადებელი ნაკრები 2.0 მოიცავს რეაგენტებს ამპლიკონების გენერირებისთვის Ion AmpliSeq პრაიმერებით. ნაკრების საშუალებით ბარკოდირებული ბიბლიოთეკის მომზადებისთვის საჭიროა Ion Xpress™ ბარკორების ადაპტერების 1-96 ნაკრები ან IonCode™ ბარკორების ადაპტერების 1-384 ნაკრები. ბარკოდირებული ბიბლიოთეკა შესაძლოა ჩაიტვირთოს ერთ ჩიპში კომბინირებული ნიმუშების სახით, რაც სექვენირების დროის და ფასის მინიმალიზაციას განაპიროებებს. მარტივი და მოქნილი პროტოკოლი Ion AmpliSeq ბიბლიოთეკის მოსამზადებელი ნაკრები  2.0 პლანშეტების ფორმატით ამარტივებს ნიმუშის მომზადებას და თავსებადია თანამედროვე ავტომატიზების და მაღალი წარმადობის სისტემებთან. ბიბლიოთეკის მომზადება საჭიროებს მეტად მცირე მოცულობის საწყის ნიმუშს პჯრ რეაქციისთვის. შედეგად მიღებული დნმ-ბიბლიოთეკა მზადაა ნიმუშის შემდგომი დამუშავებისთვის ავტომატიზებული Ion Chef™ სისტემის საშუალებით. ინტუიტიური Torrent Suite™ და Ion Reporter™ კომპიუტერული პროგრამები მიღებული მონაცემების ანალიზის ოპტიმიზაციის შესაძლებლობას ქმნის.